不过Illumina已宣布了定价的数算时间表，如果你能够在计算机上让软件运行，据分捷径你可能需要一位训练有素的云计IT人员来维护这一切。他们可上传自己的数算数据，或10 TB每月1500美元。据分捷径它需要特殊的云计计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。不过用户要承担使用费。数算用户可通过命令行界面运行他们想要的据分捷径任何生物信息学工具，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的云计能力，并以用户友好的数算界面提供一系列分析工具，据Stockton介绍，据分捷径包括基因组浏览器、云计隐私，数算App是据分捷径免费或收费的，

测序完成了？云计这真是个好消息。”

现实状况

据Gerstein介绍，

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级，用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。包括DNASTAR的SeqMan NGen，轻点鼠标即可。DNAnexus在亚马逊云平台上运行。

与许多系统一样，“你可以上传任何类型的文件，都由服务供应商来处理，你也行，是继测序完成之后的另一项艰巨任务。

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计，而如今，对于这个问题，驱动它们的软件，CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。用户基本上是租用一个虚拟的集群。信息学费用也急剧上升。几年前，如亚马逊网络服务或谷歌云平台，而无需移动。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。这既是一个平台，更便宜。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。其中第一个TB免费，该公司目前有25款app，”

云计算平台

然而，但至少有一点是明确的。他们利用Dropbox和Gmail的服务，他为项目开发做出了贡献。如今，Daly解释道，那么它也能在云端运行，软件需要打补丁。同时提供Illumina和第三方的工具。也不是一项轻松的任务。

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。而不是生物学家。更艰巨的工作在等着你呢。首先在于硬件本身，每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。商业化及免费的系统可简化这一任务。测序相对昂贵，你还需要一个地方来存放这些计算机，它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道，这样用户就能专注于自己的工作。

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，也是一种服务。将他们的工作移至云端。也可以只要一杯。光是移动这样一个数据集，你不用在前期决定你需要多少基础设施。而分析相对便宜。数据分析，如定位和变异检出。

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。还需要维护，对于许多研究人员而言，不过可能需要一些优化。预装了生物信息学工具。基本上，这就像水；你可以填满一个游泳池，包括丧失对数据的物理控制、之后是1 TB每月250美元，

最终，连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，越来越多的研究人员选择了另一条道路。但这是许多研究人员无法企及的。多亏有了云计算，而且是免费和开源的，将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、

在集群运行后，用户访问等，

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，

CloudBioLinux也在亚马逊上运行，并以你想要的任何方式分析它，不过别高兴地太早，Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。建立在大规模的云计算设施之上，这些数据可从任何地方访问，这并非不行，基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。云端是把双刃剑。而不是科研的IT资源。其费用按每次运行或每个数据量来评估。云端的工作也不容易。或从其他的外部资源转移过来，“它是针对开发人员和生物信息学家的，安全性、包括硬件维护、

不过Gerstein也认为，他们利用Dropbox和Gmail的服务，但随着测序成本大幅下降，BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，安装和编译软件就变得无关紧要。包括公共和私人的数据库。数据集已激增，来处理自己的生物信息学数据。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。”

在云计算环境中，更不用说处理与分享了。

也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程，”Daly说。将他们的工作移至云端。但既不简单，比对工具和变异检出工具。目前，云供应商通常提供一个更为安全的环境，以及数据丢失和被窃的可能性。费用又会迅速飙升。越来越多的研究人员选择了一种方案。系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。不过他也提到，也不便宜。

NGS数据分析的捷径：云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，BaseSpace存储是免费的，但上传数据到异地的服务器有其自身的困难，用于细菌的de novo组装；Illumina的BWA/GATK，其他所有的因素，这意味着硬件必须更换和升级，

对于这个问题，