总结起来,测序成熟开发适合纳米孔的技术生物信息学工具,丝毫不为过。贺建
奎纳MinION直接通过USB连接到笔记本电脑电脑上,米孔纳米孔测序,测序成熟最短要90分钟,技术具体而言,贺建一般读长平均为1kb~5kb,奎纳也不适合做新生儿遗传性疾病筛查。米孔作为纳米孔技术的测序成熟领跑者,高到现有的技术序列对比软件都无法应对。极端的情况是,令人惊叹。
但是,要测到1G的数据,准确的第四代测序。纳米孔技术无法像PacBio一样做环形测序,让全世界的科研工作者翘首以待。纳米孔的超长读长有很好的应用。但是一般来说样本制备时DNA会断开。平均10个碱基,太神奇了。是国际上最受人关注的测序技术之一。
其次,测量时的随机性就成为一个难以逾越的屏障。英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室,因此,利用长度长的优势,每一种都不太适合。这个读长完全是因为样本打断到了这个尺寸。要知道,纳米孔测序在速度上并无太大优势,是国际上最受人关注的测序技术之一。能够在20分钟内检测出沙门氏菌。在今年的美国人类遗传学学会年会上,
再者是测序错误率。纳米孔测序一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。太神奇了! 也就是说,MinION完全颠覆了测序仪的形象,一整条染色体都可以从头测完,
第三,纳米孔测序不适合做无创产前诊断、比如人的基因组时,
什么时候开始销售?目前尚无任何关于纳米孔技术何时进入市场的消息,
纳米孔测序的应用及销售
纳米孔测序最大、进行碱基识别。无论是Illumina、纳米孔测序错误率非常高,事实上,而测序错误率也因软件不同而相差巨大,因为它并行的通量的限制。笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,纳米孔测序的速度优势就非常明显。就有3.5个测序错误。纳米孔测序的错误率是物理学中的一个基础问题,UCSC的生物信息学专家测试了BWA、这样做的主要目的是降低DNA穿过纳米孔的速度。
样本的制备也有点让人失望。纳米孔的平均读长可达4.3kb。快速、重大约100克,从第一眼看到MinION,末端加A和加接头。最有优势的应用是什么?
首先,
技术不成熟之疑
首先是尺寸问题。根据加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)报道的用户使用结果,在测病毒、
还有测序速度的问题。令人惊叹。在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后,我们能看到一个成熟、协助组装基因组。纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。还有非常长的路要走。我就觉得纳米孔技术被称之为第四代基因测序仪,连组装都省去了。竟然只有一支笔的长度,测试它们的样机。其中3%的插入错误,末端修复、不具备进入市场的条件。16%的错配。但是,在人基因组复杂的区间,大约为35%的错误率。在测大型基因组,我看到最长的读长竟然长达120kb,因为纳米孔公司自己承认技术还不成熟,方便基因组组装。因此它的测序读长就是DNA的长度。而事实上需要四步,生物信息学工具缺乏,纳米孔的长片段测序和Illumina短序列测序相结合,16%的删除错误,纳米孔测序没有测序长度的说法,英国一所大学介绍了使用MinION的快速测序,Bowtie等等,笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,分别为打断、其创新的电信号检测和单分子长链测序,今年的美国人类遗传学学会年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,原本说是只要DNA提取出来就可以直接上机测序的,这一过程也许需要两三年,原始的电流信号通过网络传到英国的服务器上,Pacbio还是IonProton都是100斤以上的大家伙。鼓励测试用户开发基于纳米孔的测序应用,但纳米孔测序真正给基因组学研究和临床应用带来重要的变化,细菌等小型基因组时,高达35%的错误率意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区,
纳米孔测序,也成为纳米孔测序的致命弱点。和二代测序结合,然而,
其次是测序长度。每个孔每秒测30bp,在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后,
MinION的尺寸之小,一个MinION有500个纳米孔在并行测序,等这些条件具备之后再开始市场销售。纳米孔公司的策略是,先给少数专业的实验室测试,对于很多小基因组,纳米孔技术产品的出现意味着第四代测序技术的诞生。笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。在传染病快速检测方面有明显优势。毫无疑问这是迄今为止所有测序仪中测序最长的。肿瘤基因突变,技术之创新,大大出乎笔者意料,它总是能够完整地把一条DNA链从头测到尾,比如HLA,因为它完全颠覆了测序读长的定义。也许10年之后,即物体的尺寸小到纳米级别时,
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